La Maestría en Física Médica tiene como objetivo general capacitar profesionales que hayan concluido carreras de grado en disciplinas afines, para desarrollar de manera creativa las labores de un Físico Médico en el medio clínico y/o en el medio académico. Las distintas etapas de la carrera se desarrollan en el Instituto Balseiro, en la Fundación Escuela de Medicina Nuclear y en otras Instituciones asociadas. De esta manera los alumnos de la carrera tienen acceso en las diferentes etapas de su formación a equipamientos únicos en el país. En el Centro Atómico Bariloche se realizan prácticas con moderno instrumental para la detección y caracterización de radiaciones en: Reactor RA6, aceleradores de partículas y Laboratorios del Instituto Balseiro. En la Fundación Escuela de Medicina Nuclear se familiariza a los estudiantes con el uso de equipamiento de última generación para la producción de imágenes médicas (tomógrafos de emisión de positrones y resonancia magnética nuclear) y para el tratamiento de enfermedades (bomba de cobalto y radioterapia).

El egresado de la Maestría en Física Medica es un profesional con una sólida formación básica en los temas de Física requeridos para trabajar en el manejo y/o desarrollo de instrumentos de última generación para el tratamiento y diagnóstico de enfermedades. Tiene también una formación general en los temas de Medicina y Biología necesarios para trabajar en un ambiente multidisciplinario con profesionales de la salud. También tiene una formación específica en el manejo de técnicas modernas de tratamiento médico mediante radiaciones ionizantes y en la generación e interpretación de imagenes médicas. Conoce tambien las reglamentaciones específicas para el manejo y la protección de radiaciones.